相比酸碱法水解，由于酶解法反应温和、使用安全，已经是蛋白质加工中应用最为广泛的技术，通过蛋白酶可以广泛用于蛋白质的改性、生物多肽的生产等，如，通过碱性蛋白酶对大豆蛋白酶解改性，改性后的大豆，可做成豆浆，可增加易溶性、起泡性，提升产品的附加值及竟争力。但对于水解效果如何评判，如何确定水解程度，进而何时决定水解终点。目前评判水解过程的指标和方法有很多，包括水解度（DH )、提取率、三氯乙酸 溶解度、分子质量范围等。不同的产品和应用领域，对蛋白质酶解过程具有不同的要求，所以对于水解过程也不存在单一的全能指标。如蛋白质提取过程，一般主要评价蛋白质的得率;对于生物多肽的生产，要考虑一定分子质量的肽类产品的比例等。以下，我们将提取率、水解度、水解均匀度几个指标做简单的介绍。

水解度（DH)：谁解读是当前研究和生产中应用最多的一个指标，定义为：蛋白质水解反应过程中，被裂解的肽键占总蛋白质中总肽键的百分数。

水解度（DH)=水解液中游离氨基态氮的量/水解液中总氮的量 X100%

水解度（DH)=被水解的肽键数/肽键总数 X100%

水解度检测的主要原理为：检测水解液中实际游离氨基的量，同水解液完全水解得到的游离氨基的总量进行比较。其比值就为水解度的值。

酶制剂是一个高效的催化剂

提取率：提取率作为蛋白质水解过程中的宏观指标，一般针对蛋白质的提取过程而提出。

蛋白质提取率=（水解液蛋白质含量X水解液质量）/原料中蛋白质总量 X100%

质量提取率=（水解前原料质量-水解后残余原料质量）/水解前原料质量 X100%

另外也可以用糖度（Brix）或折光率的变化来对水解过程进行粗略判断和控制。糖度值和折光度都是淀粉糖生产领域常用的一个指标。一般而言折光率和可溶性蛋白的量成正比，从而测定折光率或糖度的变化，就可以对该水解过程进行监控和判断。该指标适用于蛋白质的提取过程，折光率不再变化，就意味着水解过程已经临近与反应的终点。

水解均匀度：就是水解产物的分子质量分布情况。

水解均匀度的检测：当前可能的检测方法有HPLC方法、三氯乙酸溶解度方法、电泳方法、色谱柱分离方法、凝胶层析色谱法等。